二級生物安全柜是目前應用為廣泛的柜型。按照《中華人民共和國醫藥行業標準YY0569-2005生物安全柜》中的規定，二級生物安全柜依照入口氣流風速、排氣方式和循環方式可分為4個：A1型，A2型，B1型和B2型。

　　所有的二級生物安全柜都可工作人員、環境和產品的保護。

　　A1型：前窗氣流速度小量或測量平均值應至少為0.38m/s。70%氣體通過HEPA過濾器再循環至工作區，30%的氣體通過排氣口過濾排出。

　　A2型：前窗氣流速度小量或測量平均值應至少為0.5m/s。70%氣體通過HEPA過濾器再循環至工作區，30%的氣體通過排氣口過濾排出。

　　二級B型生物安全柜均為連接排氣系統的安全柜。連接安全柜排氣導管的風機連接緊急 供應電源，目的在斷電下仍可保持安全柜負壓，以免危險氣體泄漏出實驗室。其前窗氣流速度小量或測量平均值應至少為0.5m/s(100fpm)。

　　B1型：70%氣體通過排氣口HEPA過濾器排除，30%的氣體通過供氣口HEPA過濾器再循環至工作區。

　　B2型：全排型安全柜，無內部循環氣流，可同時生物性和化學性的安全控制，可以操作揮發性化學品和揮發性核放射物作為添加劑的微生物實驗。

　　二級生物安全柜主要結構與配置：

　　1、結構：電源開關、送排風速傳感器、送排風高效過濾器、風機、紫外燈、保險絲座、不銹鋼工作腔、下支架、電氣箱、照明、水氣端口、污口閥、箱體、操作面板、前窗、集液槽、負壓通道、可調地腳、萬向腳輪。

　　2、配置：直流電機、節能模式、顯示屏、插座（含備用）、水氣閥門、紫外燈預約開啟、前窗、全部開啟及任意定位升降（上下限報警系統）、側窗、支架、人機對話功能。